Пролог игры представляет собой страшный сон главной героини Хизер, в котором она бродит по заброшенному, тёмному и населённому чудовищами парку развлечений Lakeside, пытается спуститься по рельсам «американских горок» и погибает под колёсами спускающейся вагонетки. В этот момент Хизер просыпается. Она находится в большом торговом центре уже перед самым закрытием. Хизер звонит из телефонного автомата отцу и сообщает, что намеревается отправиться домой. С ней пытается заговорить пожилой человек, представляющийся детективом Дугласом Картландом, но Хизер сбегает от него и бродит по пустому торговому центру, постепенно погружающемуся в кошмарный потусторонний мир. Здесь, помимо чудовищ, главная героиня встречает безумную босоногую женщину по имени Клаудия, которая намекает на дальнейшую судьбу протагонистки и её предназначение. Она говорит, что появление монстров обусловлено божественной волей и просит вспомнить свою истинную сущность.
Когда Хизер удаётся выбраться в реальный мир, она оказывается у входа в торговый центр, где снова встречает Дугласа. Он признаётся, что нанят Клаудией с целью розыска главной героини. Хизер не доверяет своему спутнику и спускается в метро, где снова попадает в иной мир. На пути домой, пройдя через тёмные потусторонние станции, туннели метро, канализацию и офисные здания, Хизер встречает ещё одного странного человека — некоего Винсента, постоянно обитающего в мире кошмаров и не испытывающего никаких неудобств. Наконец, Хизер удаётся добраться до дома, где она обнаруживает тело своего отца, убитого по приказу Клаудии. После встречи Хизер и Клаудии последняя уходит, предварительно сообщив девушке, что смысл этого убийства был в «наполнении сердца Хизер местью и ненавистью». Хизер сражается с Миссионером, убившим её отца, после чего возвращается в свою квартиру, где снова встречает Дугласа.
Хизер принимает помощь детектива Картланда, и они на автомобиле отправляются в Сайлент Хилл с целью отомстить Клаудии. Выясняется, что отец главной героини — писатель Гарри Мэйсон, главный герой первой части серии, а сама Хизер — ребёнок, рождённый от Алессы Гилеспи. Клаудия, возглавив культ после смерти Далии, стремится к рождению «Бога» культа от Хизер, так как протагонистка является реинкарнацией Алессы. По пути в город Дуглас говорит, что Винсент оставил сообщение о необходимости поиска человека по имени Леонард.
#Silent_Hill