Пролог игры Silent Hill 3 описывает страшный сон главной героини Хизер, после которого она оказывается в торговом центре и начинает погружаться в кошмарный потусторонний мир. Встречая чудовищ и странных людей, она узнает о своей истинной сущности и мести, которую ей предстоит отомстить. В конце пролога Хизер отправляется в Сайлент Хилл с детективом Картландом, чтобы отомстить Клаудии за убийство её отца.